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这个华西的数据库简直就是研究这类新型小RNA的神器

  tRNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNAs)是一类新型的小RNA,广泛存在于原核生物和真核生物中。据报道,tsRNAs可表现出时空表达模式,在许多生物过程中都可以作为调节分子发挥作用。然而目前还没有一个非常全面,可覆盖多物种的数据库来满足研究人员的需求,为解决这个问题,四川大学华西医院在《Nucleic Acids Research》上发表了tsRBase数据库。

    这个数据库覆盖20个物种的14000多个公开可用的小RNA序列数据,鉴定出了121942个tsRNAs。数据库的开发者们收集了不同组织/细胞系的样本,或者在不同处理和遗传背景下的样本,从而有助于科学家们研究不同条件下tsRNAs的特定表达模式。用户们可通过登陆网址http://www.tsrbase.org/index.php访问数据库。



为了让大家对tsRBase有一个整体的了解,下面我来给大家介绍一下数据库的Search”、“Browse”、“tsRNA Targets”和“tsRNA Literatures”这四部分。

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Search部分



用户可以通过直接搜索tsRNAID进行搜索。

 


也可以通过选择不同的选项定义筛选范围,从不同物种的不同样本类型中进行筛选。

 


还可以筛选那些已经有人研究报道的tsRNA,从统计来看,目前有6个物种中的tsRNA得到了研究。

 


如果用户只有tsRNA的序列,也可以通过直接提交Fasta格式的序列,使用默认的BLAST参数,选择相对应的物种后进行搜索。


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另外,开发者还提供了高级搜索模式,允许用户使用不同的BLAST参数。点击蓝色字体,网站则会跳转过去解释参数的具体作用。


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Browse部分



用户可以通过展开物种在界门纲目科属种的结构树来找到自己感兴趣的信息。


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点开上面蓝色的Homo sapiens后呢,网站会给大家展示数据库所包含的这个物种数据。 


点击蓝色的柱子,就可以查看这个条目下的信息了。 


再点开蓝色的tsRNA,就可以查看进一步的详细信息哦,在这里,你可以看到tsRNA的序列信息和它对应的tRNA序列信息。 


在点击上面蓝色的show boxplot,还能看到这个tsRNA在不同实验组中的表达量和统计检验结果哦,再点击Download还能下载结果图片呢!

 





tsRNA Targets部分



这部分会展示每条tsRNA所靶向的基因,包括基因名和基因类型,以及支持这一对应关系的数据类型。点击蓝色的字体,跳转的页面和上面一样呀。用它的时候呢,还可以在Search右边的框框里搜索哟。

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tsRNA Literatures部分



这部分可以帮助大家寻找tsRNA文献来学习参考,覆盖的物种数目众多,而且有多种类型的文献,有letter也有review

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这个新鲜出炉的方便又实用的数据库就给大家介绍到这里啦!数据库的使用方法还挺简单的,相信大家很快就能掌握使用的方法。


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